• 商会的最高决策机构是全体会议。全体会议分为定时全体会议和临时全体会议。定期全体会议由全体会员的半数以上参加，定于每年4月份召开。全体会议的主要议事活动有如下几项：选出理事和监事；讨论通过决算，工作报告；制定预算方案；决定工作计划；制定并修改章程及其他重要章程。
• 原则上每月召开理事会，审议有关商会的运营和工作情况。
• 理事会下设行业分会和委员会等机构（规划、事业、涉外、宣传、调研、社会贡献），在其职责范围内，对行将提交理事会的各项重要议事内容进行事先磋商。

• 为会员企业开展业务活动提供有用的信息。
  （网站，电子杂志等）
• 各分会的活动是商会活动的中心内容。商社、工业、金融、运输·服务、三资分会，分别通过交换资料和信息、邀请讲师举办演讲会、研讨会、组织考察旅行等活动，促进业务的发展。
• 在华日本会员企业遇到共同问题时，由商会代表会员与中国政府及有关单位进行交涉，此外还制定处理问题的制度，对业务上发生纠纷的会员，由专职咨询员协助解决。中国经济与日本企业白皮书　
• 代表会员向日本政府、经济代表团等介绍当地情况，提出建议和要求，并积极与包括第三国在内的各有关部门开战交流活动。
• 商会单独或与日本人会联合举办各种活动，如运动会、联欢会等，以促进会员间的友谊。
• 发行会员名录，以便会员互换信息和顺利开展联系业务。
• 进行社会贡献等内容的活动。邀请中国大学生访问日本，“走近日企，感受日本”的项目，从2007年开始实施。

 　　组织结构图

       2024年版中国日本商会概要（中文）